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從FFPE樣品中獲得完整性好的RNA--Covaris FFPE樣本解決方案

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-05-31

“實驗室里面一位資深科學家第一次給我看這個數據的時候,我想這數據差別那么大一定是哪里出錯了,因此我們用不同批次的樣品對結果進行了二次驗證。但是類似的現象再次出現!”

——Shawn Levy

到底是什么讓來自HudsonAlpha生物技術研究院和阿拉巴馬大學的Shawn Levy副教授如此驚訝?


HudsonAlpha研究所的ORIEN(Oncology Research Information Exchange Network,腫瘤研究信息交換網絡)項目由19家癌癥研究中心和M2Gen醫療公司共同參與。該項目通過分析各癌癥中心提供的病人樣本,并對這些數據進行整合來不斷完善其信息網絡的疾病信息,同時該項目的成員公司和癌癥中心也可以通過該網絡獲得更多疾病信息。該項目還通過幫助病人找到合適的臨床試驗來推動癌癥臨床發展。


為了得到可靠、高質量數據,HudsonAlpha研究所投入大量精力和時間優化整個流程,包括從樣品準備,建庫到測序條件。他們很快意識到,提高樣品質量對下游檢測十分重要,尤其是容易降解的RNA。DV200(%)是衡量RNA樣品質量的一個重要指標,DV200值越高證明RNA完整性越好。對于一些建庫試劑盒,更是注明不建議使用DV200低于20%的RNA樣品。在測試了眾多不同產品之后,HudsonAlpha研究所選擇了Covaris品牌的truXTRAC系列產品作為他們處理FFPE樣本的最終方案。是什么原因促使他們做出這樣的選擇?讓我們來看一下他們的對比數據。


首先,他們對不同組織的FFPE樣品進行比較,發現利用Covaris truXTRAC系列產品提取的RNA的DV200明顯高于之前一直沿用的方法(下面也稱作標準方法)。


他們繼續在不同形式的FFPE樣品上進行比較,首先是FFPE切片:

從結果可以看出,適合用于下游建庫的RNA(即DV200>20%),標準方法中只有22/95(約23.2%)的樣品合格,而用Covaris提取的則高達89/90(約98.9%)。除此以外,Covaris有一半以上的樣品DV200>30%,有些樣本更是高達80%!


接下來,他們在FFPE蠟卷樣本上進行測試:

令人意外的結果出現了,對于標準方法,蠟卷樣品DV200>20%的數量大大減少,只有6/79(約7.6%)。而用Covaris方法提取的全部樣品DV200都在40%以上,有些甚至接近90%!Dr. Levy也對結果有點不敢相信:“實驗室里面的資深科學家第一次給我看這個數據的時候,我想,這數據(差別那么大)一定是哪里出錯了,因此我們用不同批次的樣品二次驗證。結果類似的現象再次出現。”


他們繼續把Covaris truXTRAC系列產品提取得到的RNA產物用于建庫,而建庫質檢的通過率高達85%!使用該方法,Dr. Levy和其團隊從2018年1月到2019年3月已經完成了約4808個FFPE樣品的RNA提取。

(有視頻有真相,AACR大會原視頻連接:https://covaris.com/resources/videos_conferences/)(要翻墻)

Covaris truXTRAC FFPE核酸提取產品優勢

脫蠟更徹底使用AFA技術處理FFPE樣品是樣品主動脫蠟,脫蠟更快更徹底,同時AFA超聲幫助蛋白酶K和裂解液全方位深入組織內部,消化更徹底,從而提高核酸產量和質量。


提取的核酸樣本質量更好:完整性更好的核酸樣本提高了NGS文庫質量:更好的基因組覆蓋度,均一性更好。

FFPE樣本與新鮮樣本提取DNA測序覆蓋度比較:其中橫坐標表示染色體,深色為覆蓋度大于10X的區域,Covaris truXTRAC?提取的樣本覆蓋度更加均勻,更接近新鮮樣本。

基因有限公司作為Covaris公司中國區合作伙伴和獨家代理商,為您提供最完整的DNA 片段化解決方案,也可為您提供ChIP實驗,FFPE樣本核酸提取解決方案等。想要了解更多,請關注我們的官方微信“基因快訊”或聯系您身邊的基因有限公司員工。


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