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貝晶GSEA隱藏分析:蛋白質網絡互作—高階應用篇

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-05-24

String數據庫想必做蛋白質研究的人都知道,它收錄兩千多個物種和百萬種蛋白質,分析過程中將差異表達蛋白映射到 STRING數據庫中,獲得差異蛋白的相互作用關系信息。搜索也比較簡便,直接輸入即可。

但是要是很多個呢,或者是轉錄組數據分析之后的結果,少則幾十,多則上百,甚至上千。倘若如此,豈不是工作量極大,還有可能遺漏。

還記得前兩期貝晶GSEA數據嗎?其實內含內含隱藏的蛋白質數據。具體操作步驟如下:

STEP 1

打開貝晶GSEA文件夾,點擊相應的.html文件,便得到如下圖示,再點擊右邊的“click”。

image.png

STEP 2

轉到如下頁面,展示的頁面是該geneset 里面基因的名字與這個基因在轉錄組實驗中具體的表達量。

 

STEP 3

任意選取其中一個基因,點擊便可以連接到如下頁面。

image.png

STEP 4

然后繼續往下拖,便可來的該基因表達蛋白的網絡互作圖。

image.png

STEP 5

上圖是TOP5的蛋白質互作,點擊該圖片,可以得到更多的與之相關聯的蛋白質互作圖,如下所示。還記得如下Arc Diagram

 

image.png

 

可否還記得貝晶生物Arc Diagram

 

image.png

把轉錄因子目標基因,激酶作用的基因,以及蛋白互作相關基因結合起來做出Arc Diagram ,能夠直觀的從圖上看出它們之間相能夠直觀的從圖上看出他們之間相互作用關系。

 

2019

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